Habitées pendant des milliers d'années, les gorges de Samaria ont joué un rôle très important en tant que point de refuge lors de l'occupation d'envahisseurs étrangers. Leur emplacement géographique, au milieu des Montagnes Blanches, tout comme la facilité avec laquelle elles pourraient être défendues en font l'endroit idéal pour cet objectif.
Des fragments de terre cuite et quelques offrandes votives découvertes près de la chapelle d'Agios Nicolaos prouvent qu'il y avait un sanctuaire d'Apollon situé dans le voisinage mais on connaît très peu de choses concernant celui-ci.
On est mieux documenté sur l'ancienne cité de
Tarra qui existait sur le site où se trouve actuellement Agia
Roumeli : c'était une des 100 cités dont
nous parle Homère.
Des fouilles archéologiques ont montré que Terra existait
depuis aussi longtemps que la dernière époque Minoenne
(il y a au musée de Chania des colonnes de pierre ayant une
double hache).
Tarra créa une alliance avec d'autres anciennes citées
de la côte sud, ayant leurs propres pièces de monnaie,
et exportant du bois vers l'ancienne Egypte, Mycènes,
Knossos et Troie où il fut uilisé pour construire
des palais et des bateaux.
La cité était particulièrement importante à l'époque
romaine bien qu'elle fut détruite en 66 Av. J.-C. quand
le sud-ouest de la côte Crétoise se souleva de plus
de 3 mètres.
Tarra se trouvait sur la route maritime reliant Rome à l'Egypte
et l'Est et ceci favorisa sa prospérité. Le déclin
de la cité commença au 6ème siècle Av.
J.-C. quand le commerce du blé entre l'Egypte, Rome
et Constantinople devint moins important.
Pendant cette période de prospérité les habitants
de Tarra devinrent des armateurs – construisant leurs bateaux
avec leur propre bois – et s'engagèrent dans la
piraterie. Ces activités prirent fin au 7ème siècle.
Parmi les différentes raisons possibles du déclin de
Tarra se trouvent les raids et les pillages des Arabes, un changement
des routes maritimes et des séismes.
Le village de Samaria était habité pendant la période
Byzantine. Au 14ème
siècle, des membres de la Famille Skordilis de Hora Sfakion
s'installèrent dans le village. La raison de ce déménagement
tiendrait du fait que le commandeur des gardes Vénitiens à Sfakia
aurait tenté d'embrasser la ravissante « Chrissomaloussa » (quelque
chose comme « Boucles d'Or ») et quand
elle résista il lui coupa une de ses tresses avec son épée.
Pour se venger de l'insulte, la famille Skordilis anéantit
toute la garnison Vénitienne et leur commandeur.
Les Vénitiens essayairent de pousser leur chemin dans
les gorges pour punir la famille Skordilis, mais en vain. En fin
de compte, ils dûrent faire un compromis de paix difficile
et la belle « Chryssomaloussa » devint une
nonne dans le couvent de Sainte Marie d'Egypte (Ossia Maria) à Samaria.
Pendant la période Vénitienne la gorge servait d'abri
aux partisans Crétois. Après l'échec
d'un raid en 1570, Provedatore Marino Cavalli ordonna la destruction
de Sfakia.
Durant les premières années du soulèvement
contre les Turcs ont eu lieu quelques uns des évènements
les plus importants de l'histoire Crétoise dans le voisinage
des gorges de Samaria. En 1770, pendant le soulèvement conduit
par Daskalogiannakis d'Anopolis, poursuivis par les Turcs avides
de sang 4.000 femmes et enfants se réfugièrent vers
les montagnes, dans les gorges de Samaria pour la plupart d'entre
eux. Ils furent sauvés par la résistance vigoureuse
de Giannis Botanos dont les forces de 200 hommes prirent les Portes
et obligèrent éventuellement les Turcs à battre
en retrait.
En 1821, toute la Grèce se révolte, sans succès
dans le cas de la Crète et une fois de plus les révolutionnaires
durent se retirer dans les gorges après leur défaite.
Une fois de plus, tous les efforts des Turcs pour les capturer furent
vains.
Dans la grande révolte de 1866, Omalos, les gorges de Samaria
et Agia Roumeli étaient des points de rassemblement et de
refuge. De l'aide avait été envoyée depuis
la métropole Grecque. Un gouvernement provisoire avait même été mis
en place à Agia Roumeli. En 1866 Mustapha Pasha envoya trois
bateaux de guerre pour bombarder les entrepôts de ravitaillement
militaire et de nourriture ainsi que la côte d'Agia Roumeli
où nombreux étaient ceux qui s'étaient
regroupés dans l'espoir de gagner le passage vers la
métropole Grecque. La première troupe d'abordage
Turque a été repoussée après une bataille
qui dura plusieurs jours. En Juillet 1867 Omer Pasha débarqua
avec 4.000 troupes et les Crétois furent forcés de
se barricader dans les gorges, prenant avec eux le plus de provisions
et de munitions possible et mirent le feu au reste. Les Turcs ne
parvinrent pas à avoir accès aux gorges et brûlèrent
en revanche Agia Roumeli.
Dans le courant 1869 toute la Grèce retombait à nouveau
entre les mains des Turcs à l'exception des gorges
de Samaria.
Pendant la Seconde Guerre Mondiale l'occupation de la Crète par les Allemands, les gorges de Samaria ont également joué un rôle important : elles ont permis aux partisans de se cacher tout comme aux agents clandestins des alliés qui transmettaient des informations par radio à leurs quartiers généraux du Moyen Orient. Les Allemands ont essayé plusieurs fois de capturer l'équipement radio mais sans succès.