A cause des bouleversements géologiques du début du Miocène, il y a 25 millions d'années, une bande de terre continue reliant le sud-est de l'Europe à l'Asie Mineure a émergé de la mer Egée. Au milieu du Miocène, la région Egéenne avait de hautes montagnes et également des cuvettes remplies d'eau. La flore se développa et prit une telle ampleur qu'à la fin du Miocène (il y a 14 millions d'années) l'Aegeis était habitée par de grands mammifères herbivores.
A la fin du Tertiaire (il y a 10 millions d'années) les eaux de la Méditerranée ont commencé à inonder la région Egéenne , formant les îles de l'Egée et la Crète. Il y a 8 millions d'années, la Crète était déjà entourée d'eaux.
A l'époque du Pliocène (il y 1 à 3 millions d'années) il y avait constamment un processus de soulèvement et d'abaissement des terres, et une faille tectonique profonde fut créée en Mer de Crète, approximativement au même endroit où elle se trouve de nos jours.
Les bouleversements géologiques de la région ont d'abord concerné l'Egée puis se poursuivirent tout le Pléistocène (il y a de 1 million d'années à 25.000 ans) pendant lequel il y a eu successivement des périodes chaudes et froides causées par l'avancée et le retrait des glaciers. Ceci a eu pour résultat une ascension puis une baisse du niveau de la mer, créant des ponts entre la Crète et les terres adjacentes par l'intermédiaire desquels l'île a été colonisée par des espèces végétales et animales.
De nos jours, le sud de la Crète est plus élevé de 3,65 mètres (en moyenne) que la partie nord de l'île. L'empreinte de l'ancien niveau de la mer est clairement visible sur les falaises le long de la côte sud. Les scientifiques pensent que ces bouleversements ont été causés par la pression qu'exerce la plaque tectonique Africaine sur la plaque Européenne.
Les gorges de Samaria ont été créées pendant la période Quaternaire. Les couches de dolomite dont sont composées les roches de formation de la région ont été fracturées par toute une série de facteurs (action des glaces, phénomène Karstique etc.) qui sont particulièrement apparents dans la région de Gingilos tout comme autour des « Portes ».