Die geologischen
Umwälzungen des frühen Miozens vor 25 Millionen Jahren führten zum Auftauchen
aus der Ägäis, einem durchgehenden Stück Land, das Südosteuropa und Kleinasien
verband. Im mittleren Miozen hatte die Ägäis hohe Berge und mit Wasser
gefüllte Vertiefungen. Die Flora wuchs so gewaltig, dass die Ägäis im
späten Miozen (vor 14 Millionen Jahren) von großen pflanzenfressenden
Säugetieren bewohnt war.
Im späten Tertiär (vor 10 Millionen Jahren) begannen die Gewässer des
Mittelmeers die Ägäis zu überfluten und bildeten die ägäischen Inseln
und Kreta. Bereits vor 8 Millionen Jahren war Kreta von Wasser umgeben.
In der Pliozän-Epoche (vor 1-3 Millionen Jahren) fand ein konstanter Prozess
des Steigens und Fallens von Land statt, und im kretischen Meer entstand
ein tiefes techtonisches Rift, schätzungsweise in derselben Position wie
heute.
Geologische Umwälzungen im Gebiet, das einst von der Ägäis besetzt war, fanden weiterhin im Pleistozän (vor 1 Million bis 25.000 Jahren) statt, in dem es abwechselnd warme und kalte Perioden gab - verursacht durch die schrittweise Ausbreitung und Rückzug der Gletscher. Als Folge davon stieg und fiel der Meeresstand und schuf Brücken zwischen Kreta und den anliegenden Ländern, über die die Insel mit Tier- und Pflanzenarten bevölkert wurden.
Heute liegt Südkreta 3,65 m höher als der Norden der Insel. Die frühere Wasserstandslinie kann man klar an den Klippen entlang der Südküste erkennen. Wissenschaftler glauben, dass die Umwälzungen durch den Druck entstanden, den die afrikanische Erdplatte auf die europäische ausübt.
Die Samaria-Schlucht ist im Quartär entstanden. Die Dolomitenbetten, aus denen die Felsformationen der Gegend gebildet wurden, wurden durch ein Vielzahl von Faktoren zerbrochen (Gletscherbewegungen, karstische Phänomene etc.), die vor allem im Gebiet um den Gingilos herum sowie um die " Pforten" ausgeprägt sind.